www.biotechugamg.fora.pl

maxi king :)

Ogólnie to naszą sytuację związaną z enzymami i biomolem dzień po dniu da się podsumować słowami" Houston, mamy problem..." Confused

Natalia

spoko, następne enzymy będą w dniu naszego biol mola i dzień po Waszym Wink

To bedzie dzień zbiorowej paniki ;D

Justyna

MUTAGENEZA TRANSPOZONOWA
Gr.1
1. roznica miedzy pMarB i pMarC
2. transdukcja ogólna a specyficzna
3. efekty wbudowania transpozonu
4. co to hot spot
Gr.2
1. roznica miedzy pMarA i pMarB i mozliwosci z tego plynace
2. Zalety transdukcji
3. mechanizm transpozycji cut & paste
4.Mechanizm oporności na kanamycyne.
Gr.3
1.co to jest: DDE, cząstka transdukująca, kompetencja.
2.Mechanizm cut&paste.
3.Roznica pomiedzy transpozonem a IS
Gr.4
1.opisać ruchomy element w plazmidzie z ćwiczeń
2.coś o różnicach w rekombinacji miejscowo specyficznej i ogólnej
3.jaki typ transdukcji przeprowadzają fagi lambda, P1 i jeszcze jakiś
4.co to jest transdukcja poronna i co to jest HGT

Mateusz

To moje wersje odpowiedzi. Ma ktoś jakiś pomysł na 2.1?

MUTAGENEZA TRANSPOZONOWA
Gr.1
1. roznica miedzy pMarB i pMarC
pMarB posiada wbudowany gen Himar1 i sekwencje docelowe dla endonukleaz BamHI SalI, między którymi znajduje się promotor PB genu transpozazy. pMarC ich nie posiada.

2. transdukcja ogólna a specyficzna
Ogólna - przenoszenie z niską częstością dowolnej cech chromosomowej (np. przez fagi P1 czy P22). W tych fagach pakowanie DNA do główek polega na odcinaniu z kontaktamerów DNA fagowego odcinków tak dużych, jak zmieszczą się w główce fagowej. Zaczyna się ona od sekwencji pac. Jeśli w genomie gospodarza znajduje sie podobna sekwencja, to endonukleaza fagowa może zacząc pakować ją do główek.
Specyficzna - przenoszenie tylko kilku określonych cech (np. przez faga lambda), zachodzi u fagów, u których do pragłówek pakowane jest DNA o ściśle określonej długości, mające na obu końcach sekwencje cos. Aby w tym przypadku zaszła transdukcja fragment DNA gospodarza musi mieć dwie sekwencje przypominające cos w określonej odległości (38 do 52 tysięcy par zasad) (przypomnijcie sobie DNA kontaktameryczne u faga lambda).

3. efekty wbudowania transpozonu
Nabycie przez komórkę właściwości kodowanych przez transpozon (opornośc na antybiotyki/jony metali ciężkich, zdolność do degradacji różnych związków, determinanty wirulencji)
Efektami wbudowania jakiegokolwiek elementu ruchomego mogą być:
Insercyjna inaktywacja genów (poprzez przerwanie ciągłości genu lub obecność sekwencji wyciszającej)
Wzmożona ekspresja genów i aktywacja wyciszonych genów (gdy IS posiada dodatkowy promotor w końcowej części elementu i wbuduje się we właściwe miejsce w genomie)
Powstawanie kointegratów - fuzyjnych replikonów (gdy w cząsteczce obecnych jest kilka replikonów zawierających daną IS. Replikon - cząsteczka DNA stanowiąca samodzielną jednostkę replikacyjną)
Delecje, inwersje, translokacje, duplikacje a nawet tworzenie transpozonów(gdy dwie IS obecne są w jednym replikonie i zajdzie między nimi rekombinacja homologiczna)

4. co to hot spot
Miejsce w którym prawdopodobieństwo zajścia rekombinacji genetycznej (włączenia transpozonu) jest szczególnie duże, preferowane miejsce insercji.

Gr.2
1. roznica miedzy pMarA i pMarB i możliwości z tego plynace
Róznią się jednym z miejsc restrykcyjnych (A ma KpnI, B ma BamHI) i czynnikiem transkrypcyjnym wykorzystywanym do kontroli (sigma A u pMarA który jest "housekeeping factor" i sigma B który jest "general stress response factor")
Nie wiem jakie z tego płyną możliwości, jeszcze na tyle nie zrozumiałem tego artykułu.

2. Zalety transdukcji
Można przenosić stosunkowo duże fragmenty genomu (do kilkudziesięciu tysięcy par zasad).
Przenoszone DNA jest chronione przez kapsyd wirusa, który ułatwia też jego wnikanie do komórki.

3. mechanizm transpozycji cut & paste
Transpozaza przecina obie nici DNA w obrębie flankujących IR (inverted repeats), co powoduje całkowite wycięcie elementu transpozycyjnego z sekwencji donorowej. Uwolnione końce IS (wraz z wolnymi grupami 3'-OH) moga znajdować się blisko siebie, wtedy razem z transpozazą tworzą TRANSPOZOSOM. Niektóre IS wytwarzają koliste formy pośrednie, ale wtedy do włączenia sekwencji wymagane jest przecięcie nici. W końcowej fazie transpozycji grupy 3'-oh atakuja nukleofilowo wiązania fosfodiestrowe sekwencji docelowej, następuje transestryfikacja czego konsekwencją jest transfer nici DNA i włączenie elementu do sekwencji docelowej. Na końcu polimeraza I DNA syntetyzuje brakujące nukleotydy doprowadzając do powstania powtórzeń DR (direct repeats).

4. Mechanizm oporności na kanamycyne.
jest wyżej.

Gr.3
1. co to jest: DDE, cząstka transdukująca, kompetencja.
DDE - charakterystyczny, konserwowany motyw aminokwasowy występujący w większości transpozaz. Tworzą go 2 asparaginiany i glutaminian. Ich obecność warunkuje aktywność enzymatyczną transpozaz.
cząstka transdukująca - cząstka bakteriofaga zawierająca obcy materiał genetyczny, który może być w wyniku infekcji fagowej przenoszony z jednej bakterii do drugiej.
kompetencja - stan komórki bakteryjnej, w którym jest ona zdolna do pobierania DNA ze środowiska w procesie transformacji

2. Mechanizm cut&paste.
jest wyżej.

3. Roznica pomiedzy transpozonem a IS
Sekwencje insercyjne - 0,5-3 kbp, zwarta, prosta struktura, niosą jedynie informację genetyczną potrzebną do własnej transpozycji
Transpozony - większe, bardziej złożona struktura, niosą informacje niezbędne do transpozycji i pojedyncze geny lub nawet całe ich ugrupowania.

Gr.4
1. opisać ruchomy element w plazmidzie z ćwiczeń
Element mariner pochodzi z muchy Haematobia irritans. Wbudowuje się w losowe miejsca w genomie. Jego celem jest dinukleotyd TA. Transpozycja następuje poprzez mechanizm cut&paste katalizowany poprzez transpozazę Himar1, która sama nie musi się znajdować wewnątrz sekwencji transpozycyjnej. Element ten, nazwany TnYLB-1 składa się on z genu oporności na kanamycynę oflankowanego dwoma sekwencjami docelowymi dla endonukleazy PstI. W ćwiczeniu wykorzystujemy 2 plazmidy zbudowane na jego podstawie: pMarB i pMarC. pMarC posiada miejsce restrykcyjne EcoRI,gen odporności na erytromycynę, origin replikacji, kolejne miejsce restrykcyjne EcoRI, gen oporności na ampicylinę, kolejny origin replikacji oraz transpozon TnYLB-1. Plazmid pMarB posiada także miejsce rozpoznawane przez endonukleazę SalI oraz gen Himar 1 C9, kodujący transpozazę.

2. coś o różnicach w rekombinacji miejscowo specyficznej i ogólnej
Zakładam, że chodzi o to samo co wyżej.

3. jaki typ transdukcji przeprowadzają fagi lambda, P1 i jeszcze jakiś
Jest wyżej, przy okazji transdukcji ogólnej i specyficznej.

4. co to jest transdukcja poronna i co to jest HGT
Transdukcja poronna opisuje przypadek, gdy nie dojdzie do integracji materiału genetycznego dawcy i biorcy. Materiał genetyczny dawcy może przez jakiś czas przebywać w komórce biorcy (aż nie zostanie zdegradowany), ale podczas podziału dziedziczy go tylko jedna komórka potomna.
HGT - (horizontal gene transfer) transfer horyzontalny (lub lateralny) genów. Nabywanie przez organizm genów w wyniku procesu innego niż otrzymanie ich od organizmu rodzicielskiego w wyniku rozmnażania. Może się odbywać przez koniugację (plazmidy), transdukcję (bakteriofagi), transformację (pobieranie DNA bezpośrednio z otoczenia).

Ailin

czynnik sigma a występuje u wszystkich bakterii, czynnik sigma b tylko u niektórych rodzajów (Bacillus, streptococus, Listeria)
wprowadzenie obu czynników rozszerza działanie plasmidu na większą grupe bakterii
<sam koniec artykułu piękny:P >

Kamiś

wejściówa grupa 1 - kolejność losowa:
1. podaj rodzaj transdukcji oraz gospodarza: P1, P22, lambda, SPP1
2. czemu Tn1 i Tn9 są bardziej bleh od pMarXów, podaj 2 powody
3. jaki jest mechanizm przyłączenia się marinera?
4. różnica między HGT a VGT
5. tetracyklina - życie, twórczość, oporność
6. transdukcja poronna

Natalia

O matko

Cień

a o ktorej skonczyliscie laby?

aga_b

tak jakos kolo 16 30

Natalia

[link widoczny dla zalogowanych]

HaNiA

Mateusz

Pytania grupy 3
1. Co to jest: IS, metylacja DNA, transpozaza?
2. Na czym polega transdukcja (lub transformacja, nie pamiętam). Opisz mechanizm.
3. Podaj dwie metody selekcji mutantów bakteryjnych.
4. Były podane 4 kombinacje fenotypów, o różnej odporności na kanamycynę i erytromycynę. Trzeba było określić który z nich najczęściej pojawi się po transdukcji naszym plazmidem, a następnie hodowaniu w 50 stopniach i dlaczego.
5. Jak działa erytromycyna?

Mateusz

Wyniki wejściówki 3 grupy:

Madzia

jakie są metody selekcji mutantów bakteryjnych??

Natalia

ja napisałam, że poprzez pożywkę z antybiotykami i pożywkę z brakiem jakiejś substancji bez której przezyje tylko mutant.
Ale maxa nie miałam, więc moze niech ktoś jeszcze się wypowie Wink