www.biotechugamg.fora.pl

Motyl

natężenie pola elektromagnetycznego albo przyłożone napięcie (jedno z drugim się wiąże, przykładamy napięcie, uzyskujemy natężenie, które zależy od powierzchni przepływu i czasu). Czyli w przypadku elektroforezy mówimy o natężeniu, bo V/cm. A na elektroporacji sie nie znam =p

Aś

Jakie były te zmiany w genomie bakteryjnym żeby ładna nadprodukcja białek była? Albo cechy bakterii i plazmidu ekspresyjnego użytych do nadprodukcji białek?
Bakterie miały wyłączone geny proteaz i bodajże rekombinacji, ale bardziej nie pamiętam..

jaskolczegniazdo

Szczep: Nieaktywne proteazy OmpT i Lou i wbudowany gen polimerazy faga T7 pod promotorem pLacUV5.

Plazmid: promotor T7 rozpoznawany tylko przez polimerazę RNA faga T7, sekwencja operatora lacO (fragment regulatoru operonu laktozowego) i nie wiem czy gen oporności na antybiotyk też sie liczy..

Martyna

Pierwsze ćwiczenie z drożdży:

1) Wymień 3 fermentowalne i niefermentowalne źródła węgla w pożywce dla drożdży S. cerevisiae
2) Uzupełnij tabelę:
kolumny: S. cerevisiae, S.pombe
wiersze: dominująca faza cyklu życiowego, typy płciowe, ułożenie spor w worku, nazwa polska
3) Podaj nazwy podłóż sporulacyjnych dla S.cerevisiae i S.pombe
4) Nomenklatura
a) podaj nazwę systematyczną genu MDJ1, wiedząc, że jest to 16. ORF na ramieniu krótkim (lewym) chromosomu VI, na nici Cricka.
b) co oznacza zapis:
i) YJR045C
ii) mdj1::HIS3
c) czym różni się ADE6 od Ade6?
d) jak zapisać: wstawienie (integracja) funkcjonalnego genu HIS3 w obręb genu ISU1 (gen ISU1 pozostaje funkcjonalny)?

1. 2 przykładowe grupy pozachromosomalnych elementów genetycznych u S. cereviasie
2. tabela j.w. w pkt. 2) tyle że zamiast ułożenia spor w worku - ilość chromosomów u diploida.
3. YES a YPD - różnice.
4. Nomenklatura:
a) nazwa systematyczna danego genu (ORF, ramię chromosomu itd.).
b) YCL035C
c) aco1-[delta]1
d) Mdj1 a Mdj1p
e) wstawienie (integracja) funkcjonalnego genu ADE6 w obręb genu JAC1 (utracił funkcję)

1' Do czego służy komora Neubauera?
2' uzupełnij tabelę: znowu podobnie j.w., tyle że w wierszach: podłoże sporulacyjne, ilość chromosomów, nazwa angielska, nazwa polska.
3' Podaj nazwy podłóż pełnych dla S. cerevisiae i S. pombe.
4' Nomenklatura:
a) podaj nazwę systematyczną genu ISU1, wiedząc, że jest to 135. ORF na ramieniu krótkim (lewym) chromosomu XVI, an nici Watsona
b) co oznaczają zapisy: YLR369W, ISU1::LEU2?
c) czym się różni Ade6 od Ade-?

P.S. przepisałam, jak mam, za ew. błędy nie odpowiadam Razz

Jeszcze jedno:
1) Podpisz rysunki kom. drożdżowych: kom haploidalna, kom. diploidalna, komórki koniugacyjne, pseudogrzybnia.
2) Na czym polega komplementacja auksotrofii podczas koniugacji drożdży?
3) Wymień czynniki niezbędne do tego, aby kom. weszła w fazę sporulacji.
4) Czy szczep drożdżowy X o fenotypie MAt a leu3 mdj1::HIS3 będzie rósł na pożywkach SC-Leu-, SC-HIS+, SC-Trp+, SC-Ura-, SC-Ade+?

n3l

Kolejne pytania z drozdzy - ale nie wiem jaka kolejnosc cw

1. skoniugowano dwa szczepy A i B. wybierz pozywke, na ktorej wyselekcjonujesz powstalego diploida.

h+ ade6-m210 HIS3 trp1 leu5 arg2
h- ade6-m216 his3 trp1 leu5 ARG2

kilka podanych pozywek.
trzeba wybrac EMM bo dla Sz.pombe to jest(to wiesz z opisu genotypu) i wybierasz ten co na adeninie, bo znasz te komplementujace sie ade6-m21...
i wybierasz tez powyzke bez ARG i HIS, bo szczepy jak sie polacza to nabeda umiejotnoscvi syntezy tych zwiazkow.

odp: EMM-Ade
EMM-His-Arg.

2. podaj 1 wade i 1 zalete nadekpresji bialek w systemie drozdzowym.
3. jak otrzymac diploida S.pombe?
4. narysuj plytke po sporulacji szcepu z wprowadzona mutacja jac1delta/ JAC1- jest to delecja letalna.
5.obliczyc czas generacji: masz 99 ml pozywki i wlewaasz tam 1ml hodowli o OD600=2 o godz.16. a o 9 rano dnia nastepnego masz OD600= 0,32

1. Co to jest „diaxic shift” ?
2. Tabelka nt.pombe i cervisiae ,uzupelnic:
-wyglad tetrady
-ilosc chromosomow
- wyglad komorek
- ang.nazwa
3. jak w miejsce genu ACO1 wbudujesz gen URA3 to co powstanie i jak to zapiszesz(ACO1 będzie niefunkcjonalny)
4. podobne do 3,ale na odwrot.
5. czym rozni się Jac1 od JAC1 ?
6. 15. ORF na ramieniu prawym chromosu XII miesci się gen. Jak go zapiszesz systematycznie?
7. Podobne zadanie do 5.,ale na odwrot.
8. podaj przykladowe pozywki do hodowli S.cervisiae.

1. jak musi być zbudowany wektor,aby był wektorem wahadlowym?
2. Jaki jest marker selekcyjny w doswiadcvzeniu z 5-FOA ?
3. Jaka roznica miedzy **nmt a nmt?
4. Oto wyniki hodowli pewnego szczeupu s.cerevisiae: napisz domniemany genotyp wykorzystujac symbole>> URA3, TRP1, LEU2, ADE1 ....etc.

Podloze czy rosnie?
Histydyna -
Leucyna +
Tryptofan -
.... -
.... -
..... +
z MATalfa nie koniuguje
z MAT a koniuguje

5. narysowany plazmid pRE41 z zaznaczonymi promotorami, meijscami ori i z genami na opornosc,. a także z markerami selekcyjnymi, zaznaczony promotr NMT, a także mnostwo ciec restryknycjnych. I do tego pytania:
a. jaki jest promotor?
b. Zaznacz MCS.
c. Gdzie może wystepowac ten plazmid?
d. Jaki jest typ tego plazmidu- ze względu na replikacje?

Zadanie 1.

Hodowla wyjsciowa drozdzy ma OD=4 o godz.16:00. Jaka objetosc zaszczepic do 10 litrow pozywki żeby nastepnego dnia o godz.8:00 OD wynioslo 2. Czas generacji T= 4h.

16h 4 generacje

0h 0, 125
0 0,25
1 0,5
2 1
3 2

Odk= Odp * 2^n
2= OD * 2^4

4 : 0, 125 = 32

10/32 = 0, 3125 L =312, 5 ml

Zadanie 2.

1 10% glicerol 50% glicerol
2 10mM Tris 1 M Tris
3 1mM DTT 100mM DTT

Vk= 1L= 1000 ml= 1 dm3

1 L : 5 = 200 ml
1 L : 100 = 10 ml
1L : 100 = 10 ml
+ uzupelnienie wodą

100 g glicerolu
0,1 mola Tris
0, 01 DTT

Lukasz

Pytania grupy 1/2:
1. Opisz co oznaczaja: tu wymienionych kilka genow z insercja, delecja itp.
2. Narysuj schemat wzrostu i podpisz na nim jego fazy
3. Co to sa auksotrofy
4. Jak dzielimy zrodla wegla dla drozdzy (po 2 przyklady)

Natalia

grupa środowa:
1. opisz co oznaczają: geny roznorakie
2. 3 przykłady kiedy podzial mitotyczny dla haploida zostaje zahamowany
3. Na czym polega komplementacja auksotrofii podczas koniugacji drożdży?
4. pożywki YPD, YPG, MSM

jaskolczegniazdo

Ej,co to za S. Pombe bombe?ja go nie mam w skrypcie:P

aga_b

bo mamy inne materialy niz rok i dwa lata temu:)

Lukasz

grupa wtorkowa:
1. Co to jest "counterselection"? opisz na przykładzie markera selekcyjnego URA3.
2. Był podany genotyp szczepu (his3 leu3 trp1 ura3 ade2 xyz::HIS3)i genotyp plazmidu (XYZ1, URA3, 2u/mi/), który był transformowany do tych komórek.
a. na ktorych podlozach mozna hodowac ten szczep (po transformacji)
odp. YPG, YPD, SC, SC-His-Ura, SC-Ura, SC-His
b. ktore podloza wykorzystujemy do selekcji.
odp.SC-Ura, SC-His-Ura
(byla lista podloz, z ktorych trzeba bylo wybrac odpowiednie)
3. Którego plazmidu używamy by wprowadzona cecha kodowana przez niego utrzymala sie jak najdluzej:
a.YEp
b.YRp
c.YCp
d.YIp - odp.
4. Zadanie na obliczenie ODp. Mamy dane ODk i czas genereacji oraz czas inkubacji.
(Wzór z poprzednich ćwiczeń.)

Natalia

sroda:

1. narysowac plazmid
2. opisac 2 promotory konstytutywne i 2 promotory indukowane
3, takie na pożywki jak opisał Łukasz
4. obliczanie czasu generacji

Lukasz

Wtorek:
1. jakie warunki musza byc spelnione aby kolonie bakterii z genem ade2 byly rozowe?
2. jak wykrywamy czy mutacja jest letalna u S. cerevisiae?
3. jak jest podstawowa zaleta nadprodukcji bialek w kom. drozdzowych?
4. Wypisane 3 genotypy szczepow drozdzy i rysunki 4 plazmidow. Nalezalo wypisac ktorymi plazmidami mozna transformowac ktore szczepy.

jaskolczegniazdo

możecie napisać jakie pytania mieliście wczoraj i dziś?? Smile

Lukasz

Wtorek:
1. Nukleoid - wyjaśnij pojęcie
2. rho 0 - opisz.
3. Jakie metody stosuje sie do izolacji mitochondriow?
4. kilka zdan. trzeba bylo napisac, czy sa prawdziwe, czy nie:
nukleoid jest związany z błoną wew mitochondiow
bez mtDNA drozdze nie sa w stanie przezyc na pozywce z glicerolem
i jeszcze jakies, ale nie pamietam...

Natalia

1. dziwna tabelka z przykąłdami szczepów (jaka mutacja) i warunkami i trzeba było napisać kiedy żywotne a kiedy nie --> chyba nikt tego dobrze nie zrobił
2. co to nukleoid
3. mutacja pet-
4. wymienic białka kodowane na mtDNA